A fragmentação de habitat pode ser altamente desfavorável para populações de anfíbios, ao aumentar a predação e desidratação de indivíduos que realizam pequenas migrações sazonais entre áreas utilizadas para alimentação e refúgio e áreas de reprodução, como cursos d’água (Becker et al. 2007, 2010). Um estudo recente mostrou que o efeito de borda criado pela fragmentação afeta a herpetofauna de maneira significativa. Basicamente, a abundância das populações de anfíbios e répteis diminui com a aproximação da borda (Schneider-Maunoury et al. 2016). O desmatamento, autorizado ou ilegal, é realizado no Maciço do Espinhaço, e em seu entorno, para fins de criação de gado, agricultura, expansão de áreas urbanas, mineração, abertura e modernização de rodovias, estabelecimento de empreendimentos turísticos e outras atividades. Todas devem ser fiscalizadas e disciplinadas pelos poderes municipais, estaduais e federais.
As matas ligadas ao Espinhaço são geralmente semidecíduas, com deciduidade muito variável e florística muito rica, quase sempre relacionada com a flora do Brasil oriental (vertente atlântica), podendo ser caracterizadas como “Mata Atlântica” , conectadas a matas de altitude e matas de neblina. As matas pujantes da encosta oriental da Serra do Cipó têm sido desmatadas para criação de gado e para estabelecimento de bananais. A legislação federal que impede a supressão da mata atlântica (Lei 11.428, de 2006, regulamentada pelo Decreto 6.660, de 2008, pela Resolução CONAMA 388, de 2007, e pela Resolução CONAMA 392, de 2007) não protege as matas ligadas ao Espinhaço, pois define oficialmente a Mata Atlântica não por sua estrutura e sua florística, mas por mapa elaborado pelo IBGE. Assim, nessas áreas, autorizações para desmate (supressão de vegetação) poderão ser concedidas, ainda que, pela Constituição Federal, a Mata Atlântica deva ser protegida.
Bromélias, cactos e orquídeas ornamentais de espécies raras, endêmicas e ameaçadas são frequentemente destruídas e coletadas (Lago Paiva 2004). Plantas com rosetas em copo são muito importantes, e mesmo vitais, para várias espécies de anfíbios (Eterovick & Sazima 2004), sendo também muito procuradas como abrigo e fonte de água por diversas espécies de serpentes, além de insetos, aracnídeos e aves. É o caso de Aechmea bromeliifolia, Aechmea nudicaulis, Aechmea phanerophlebia, Alcantarea turgida, Neoregelia bahiana e Vriesia atropurpurea, entre as bromeliáceas, e a eriocaulácea Paepalanthus bromelioides, entre espécies importantes do Espinhaço meridional.
A agricultura e a pecuária extensivas, com lotação excessiva e sem aplicação de técnicas modernas de gerenciamento de conservação do solo, tem levado áreas extensas do Maciço do Espinhaço a situações críticas de erosão, com exposição do subsolo por erosão superficial (laminar), formação de sulcos profundos e de voçorocas verdadeiras, “terras caídas” (Figura 12), levando à perda irreversível de habitat, ao assoreamento de matas e de cursos d’água e lagoas, e à turbação de lagoas, córregos e rios.
A silvicultura é atividade agrícola crescente em Minas Gerais. No Maciço do Espinhaço, o clima contra recomenda seu plantio, viável apenas em altitudes moderadas e em áreas de solos eutróficos e profundos. Na Serra do Cabral, a oeste do Planalto de Diamantina, essa prática já causou a perda de milhares de quilômetros quadrados em baixas altitudes no Espinhaço e em seu entorno imediato.